Заповедник, созданный в 1969 году, находится на территории Кабанского района республики Бурятия. С 1985 года в его состав входит Кабанский природный заказник, отнесенный к водно-болотным угодьям международного значения.

Первоначально, Байкальский природный заповедник создавался для сохранения ландшафта и природы хребта Хамар-Дабан. Затем исследования на заповедные леса проводились под влиянием воздушных выбросов Байкальского целлюлозно-бумажного комбината, построенного на берегу озера Байкала.

Байкальский природный заповедник в настоящее время занимает участок, площадь которого составляет 165724 га., а охранной зоны - 34788 га. Северной границей заповедника служат шоссе и железная дорога (ВСЖД), восточной – долина реки Левая Мишиха, западной – долина реки Выдриная.
Рельеф на территории определяют лавины, оползни и сели. Южная часть более гладкая. Климат северной и южной частей хребта также отличается. Более 60% всего участка занято темнохвойной тайгой. Основные представители
- пихта сибирская, сосна сибирская и обыкновенная, ель сибирская, лиственница сибирская.

Особенность Байкальского природного заповедника – это сохранившие древние растения, периода до оледенения
(папоротник-щитовник многорядник копьевидный, подмаренник трёхцветковый и удивительный, вальдштейния тройчатая); древнейшая группа вечнозелёных растений – плаунов в тополевых смешанных лесах. Семейства ужовниковых и 9 лишайников занесены в Красную книгу Бурятии.

Животный и растительный мир ничем не отличается от географической зоны. Главными обитателями является медведь, речная выдра, немного меньше соболя, множество копытных.
Стоит отметить малую численность земноводных.

Байкальский природный заповедник имеет на своей территории 5 крупных рек и около 160 озер. Сама территория, вместе с Кабанским заказником, включена в список объектов Всемирного природного наследия "Озеро Байкал". Также на территории функционирует музей Природы.